Berdasarkan Laporan Kinerja Instansi Pemerintah (LKJIP) Dinas Perindustrian dan perdagangan daerah Istimewa Yogyakarta tahun 2021 diketahui bahwa pencapaian target kinerja Dinas Perindustrian dan Perdagangan tahun 2021 dihadakan pada hambatan dan permasalahan.
Hambatan dan permasalahan yang dihadapi tersebut diantaranya adalah Perdagangan bebas memperluas peluang pasar produk DIY, namun belum diimbangi dengan tersedianya infrastuktur dan sarana prasarana pendukung ekspor yang memadai. Selain itu, peningkatan volume barang beredar yang merupakan dampak berkembangnya pusat-pusat perdagangan dan maraknya perdagangan online belum dimbangi dengan peningkatan pengawasan terhadap kualitas dan keamanannya secara optimal juga merupakan permasalahan yang harus diatasi.
Permasalahan yang lain, adalah kesadaran pelaku perdagangan tentang tertib niaga dan perlindungan konsumen yang merupakan salah satu kunci berkembangnya sector perdagangan masih kurang. Hal ini ditunjukkan dengan meningkatnya jumlah kasus sengketa konsumen yang diadukan ke Badan Penyelesaian Sengketa Konsumen (BPSK) setiap tahunnya.
Selain hal tersebut, Industri kecil yang jumlahnya mendominasi sector industry di DIY, di era perdagangan bebas ini dihadapkan pada persaingan yang semakin ketat sementara mereka memiliki berbagai keterbatasan juga merupakan masalah yang harus diatasi. Bahan baku IKM tertentu belum bisa dipenuhi secara mandiri sehingga masih tergantung pasokan dari daerah lain. Kualitas sumber daya manusia IKM dalam hal manajemen usaha, inovasi produk, akses pasar dan penguasaan teknologi masih perlu ditingkatkan. Selain itu, standarisasi dan sertifikasi berbagai produk IKM DIY yang merupakan syarat untuk menembus pasar global masih lemah.
Permasalahan yang juga harus diatasi adalah bahwa pengembangan IKM DIY didukung oleh berbagai pemangku kepentingan, namun dalam pelaksanaanya belum dapat terintegrasi secara optimal. Selain itu kemitraan antara industri kecil dengan industri besar atau pemilik sumber pemodalan masih perlu ditingkatkan.